L'Ifri a toujours consacré une large part de ses activités de recherche et de débat aux conflits du Proche et du Moyen-Orient, à leurs tentatives de règlement et à l'évolution de la région. Le programme Moyen-Orient suit ainsi trois axes majeurs de réflexion :

• la recomposition du monde arabe après l'intervention américaine en Irak et le processus de retrait des troupes étrangères : analyse de l'évolution de l'Irak post-Saddam Hussein et des conséquences d'un pouvoir à majorité chiite sur les relations avec les pays arabes ;

• l'évolution de la politique israélienne après l'intervention militaire à Gaza et l'arrivée au pouvoir du gouvernement Netanyaou après les élections de février 2009. Quelles sont les conséquences sur le processus de paix avec les Palestiniens et, d'une façon générale, sur les relations avec les pays arabes ? Quel rôle peuvent jouer les Etats-Unis et l'Europe pour favoriser la reprise des négociations ?

• l'évolution de l'Iran après les élections présidentielles contestées de juin 2010. On étudie en particulier trois sujets : l'évolution de la politique intérieure caractérisée par de fortes tensions et une répression du mouvement de contestation ; une politique étrangère qui, agressive dans sa rhétorique, entend faire de l'Iran  une puissance régionale à la tête du « Front du refus » et fait de ce pays un acteur incontournable sur l'échiquier du Moyen-Orient ; les problèmes posés par la détermination du pouvoir iranien d'affirmer sa « souveraineté nucléaire ».