Le programme Maghreb, mis en place en 2007, s'articule autour de quatre axes :

• Observation et analyse des dynamiques internes, avec un accent mis sur les modes de transition politiques et les relations inter-maghrébines ;
• Compréhension des enjeux économiques, notamment au travers des questions énergétiques, des investissements étrangers, de l'après-textile ;
• Le Maghreb dans les relations internationales, avec un axe spécifique dédié aux relations avec la France et au rôle des Etats-Unis ;
• Les liens entretenus par les Français d'origine maghrébine avec leur région d'origine.

Il a pour vocation de mieux appréhender la complexité de la relation entre la France et le Maghreb et d'apprécier les évolutions de ces pays : Maroc, Tunisie, Algérie, Libye. Il devrait permettre le débat et accompagner la politique de la France dans cette région, considérée comme son aire d'influence.