Sous les mécanismes institutionnels, les relations entre les États pèsent lourdement sur le contenu des décisions. D'où, pour l'Ifri, l'importance du réseau établi avec les autres instituts européens, notamment avec la DGAP (Allemagne) et Chatham House (Royaume-Uni). Des liens de travail de grande confiance se sont tissés, nourrissant et approfondissant, dans leur domaine, la réconciliation européenne, et nourrissant une réflexion commune.
L'Ifri analyse également les problématiques liées aux États (par exemple la question des minorités nationales) et leur politique européenne.
Le CERFA appelle une mention particulière: cette instance franco-allemande traduit et enrichit, au niveau des instituts, l'amitié entre les deux peuples. Périodiquement les travaux du CERFA, par des publications simultanées en Allemagne et en France, injectent leur part d'idées nouvelles dans le débat européen.