La réforme des institutions fait partie des chantiers permanents de l'Union européenne. À peine un traité (Maastricht, Amsterdam, Nice...) est-il mis en place que déjà un nouvelle étape s'enclenche. L'Ifri rend régulièrement compte des négociations et débats, par des conférences ou par des petits-déjeuners autour de responsables européens, et par ses publications (RAMSES, Politique étrangère, policy papers).
Avec la Convention européenne, la question institutionnelle est entrée dans une phase tout à fait nouvelle. Un projet de Constitution a été mis au point en 2003. Mais la conférence intergouvernementale n'est pas parvenue, au Conseil européen de Bruxelles (décembre), à conclure les négociations. D'autres pistes font l'objet de réflexions (noyau dur, groupes pionniers, etc.).
L'Ifri travaille sur ces questions en coopération avec d'autres instituts européens (tels la DGAP et Chatham House) et dans le cadre du réseau EPIN (European policy institutes network).